Het belangrijkste klinische teken dat gepaard gaat met aangeboren trombofilie is DVT. In sommige gevallen, vooral bij belangrijke hyperhomocysteïnemie die gepaard gaat met cystathioninebètasynthasedeficiëntie, kan arteriële trombose voorkomen, vooral als myocardinfarct bij jongeren.

De klinische expressie varieert sterk van de ene patiënt tot de andere, ondanks soortgelijke risicofactoren. Veneuze trombo-embolische ziekte is multifactorieel en de combinatie van een of meer aangeboren risicofactoren en omgevingsfactoren is verantwoordelijk voor de heterogene klinische presentaties.
De klinische tekenen van DVT zijn relatief aspecifiek: bij gebrek aan tests van D dimeren (specifieke fibrinedegradatieproducten) en beeldvorming (doppler sonografie) om DVT te uit te sluiten, kan de diagnose bij bepaalde patiënten complex zijn.

• Pijn, ofwel spontaan of uitgelokt door palpatie;
• Unilateraal oedeem van de voet, het been of het volledige ledemaat;
• Ontsteking van het ledemaat met verhoogde temperatuur, mogelijk gelijkend op erysipelas (huidinfectie), lymfangitis of infectieuze cellulitis van het been;
• Veneuze dilatatie die duidt op de ontwikkeling van oppervlakkige collaterale circulatie;
• Cyanose, in sommige gevallen in plaats daarvan bleke huid van een ledemaat.

De klinische presentatie van één abnormaliteit kan sterk variëren van de ene patiënt tot een andere. Bij sommige patiënten kan de abnormaliteit met laboratoriumtests worden gediagnosticeerd wanneer er geen sprake is van klinische tekenen, een situatie die biologische trombofilie wordt genoemd.