Infectueuze complicaties gaan gepaard met het gebruik van bepaalde bloedproducten van menselijke afkomst bij de behandeling van hemofilie B. Vroeger was het overdragen van virussen (hiv, hepatitis B en C) een ernstige complicatie bij de behandeling van hemofilie B. Dankzij de introductie van efficiënte procedures voor het inactiveren van virussen op het einde van de jaren 80 kon dat risico echter duidelijk worden beperkt.

Deze complicaties gaan gepaard met het immuniseren van patiënten tijdens een behandeling met factor IX-concentraten. Als er antistoffen worden aangemaakt, zullen die factor IX neutraliseren en binnen enkele minuten onwerkzaam maken. In een derde van de gevallen zijn die antistoffen slechts van voorbijgaande aard en sterven ze binnen enkele dagen of weken af. Andere blijven in meer of minder grote aantallen voortbestaan. Als er factor-IX-antistoffen in het lichaam aanwezig zijn, is het toepassen van andere therapeutische oplossingen noodzakelijk.
Bij 1-3 % van de patiënten met hemofilie B zijn dergelijke antistoffen aanwezig.
Kinderen moeten om de drie tot twaalf maanden of, in geval van blootstelling, om de 10 tot 20 dagen op remmende antistoffen worden onderzocht. Bij volwassenen gebeurt een onderzoek al naargelang de klinische noodzaak.

Deze complicaties worden door veel voorkomende hemartrose veroorzaakt, die tot progressieve functionele schade en mechanische en ontstekingspijn leidt. Die schade treedt vaak heel vroeg op en kan al tijdens de kinderjaren ontstaan.
Bij 50 % van de hemofilie B-patiënten die met inhibitoren worden geconfronteerd, kunnen ernstige allergische reacties zoals een anafylaxie tegen factor IX optreden.